Основна причина водянки у новонароджених — це незавершений процес заростання вагінального каналу очеревини, через це рідина, що утворюється в черевній порожнині, може перетікати в мошонку і накопичуватися там. Іноді цей канал має такий широкий просвіт, що в мошонку можуть потрапляти окремі органи, наприклад, співали кишечника, а яєчко може потрапити в пахову область, тоді утворюється вроджена пахова грижа. У нормі, ще в утробі матері яєчко опускається з черевної порожнини в мошонку, при проходженні пахового каналу воно захоплює з собою частину очеревини, яка і утворює влагалищную оболонку сім'яного канатика і яєчка, а відросток очеревини потім просто заростає. Таким чином, водянка у новонароджених найчастіше не вимагає лікарського втручання, вона сама розсмоктується при заращении вагінального відростка очеревини. Найчастіше гидроцеле спостерігається у недоношених дітей, а також у дітей тих матерів, які важко виношували вагітність, була постійна загроза викидня. Водянка може з'явитися і внаслідок підвищеного внутрішньочеревного тиску, який може виникнути і в ході реанімаційних заходів, при частому неспокої дитини, плачі, в процесі неправильно виконуваних фізичних вправ. При неспокійному поведінці дитини, пов'язаному з проблемами з кишечником, сполучена водянка яєчка може перерости в пахову або пахово-мошоночную грижу.

У 80% хлопчиків, у яких після народження спостерігається ізольована водянка яєчка, це захворювання самостійно проходить протягом 6-12 місяців. Найчастіше вона пов'язана з родовою травмою, недостатнім відтоком лімфи з мошонки і гормональним статусом. Ізольована водянка буває односторонньої і двосторонньої, іноді стан водянки стає напруженим і тоді обов'язково необхідно операційне втручання.

При водянці яєчка самоизлечение також відбувається протягом перших місяців життя дитини після того, як заростає вагінальний канал очеревини. Якщо до 1,5-2 років водянка НЕ ​​розсмокталася самостійно, то необхідно операція, так як подальший не лікування гідроцеле може привести до недорозвинення яєчка і безпліддя.